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        益生菌：隨著益生菌多項保健功能的不斷發(fā)現，如平衡腸道菌群，改善腸道功能、調節(jié)免疫、增強消化功能，促進營養(yǎng)物質吸收、抗誘變和防癌特性、抗氧化與延緩衰老以及改善心血管系統(tǒng)等。目前，上對益生菌的研究顯得非?；钴S，特別是在日本、法國、美國等國家已形成了系統(tǒng)化專業(yè)性科研隊伍。
        世界各國益生菌研究主要集中在益生菌促進人體健康的機理、益生菌的工業(yè)化與產業(yè)化應用技術、更高質量或帶多功能性益生菌的篩選與定向設計等前沿領域，其研究成果應用于食品工業(yè)生產大大提高了人體健康水平并帶來了客觀的經濟效益。在我國，特別是在奶
制品和一些功能性的食品中益生菌已廣為運用。
        在基礎研究方面，我國科學家取得了豐碩的研究成果。2008年7月，內蒙古農業(yè)大學等單位承擔的益生菌L．casei Zhang基因組學和蛋白質組學研究項目通過鑒定，項目完成了益生菌L．ca-sei Zhang染色體基因組和質?；蚪Mplca36序列的測定，從而能夠準確地將該菌株的益生功能基因進行定位，為其益生機理進一步深入研究和相關產品的開發(fā)應用從基因水平上奠定了基礎。該項目的完成標志著我國在乳酸菌基因組學方面的研究達到水平。同時，國內圍繞乳制品、發(fā)酵肉制品工業(yè)發(fā)酵劑菌株篩選獲得重要進展，建立了從多菌相肉品發(fā)酵體系中定向篩選特質菌株的高通量技術平臺和我國*個原創(chuàng)性、具有自主知識產權的乳酸菌菌種資源庫，篩選得到了幾十株具有優(yōu)良生產性狀及益生特性的乳酸菌菌株，為我國益生菌制品的開發(fā)奠定了強大的技術和菌源基礎。
        代謝工程：在代謝工程研究方面，隨著研究應用的深入，代謝工程的定義也在不斷更新，現在多將其定義為利用基因工程技術，有目的地對細胞代謝途徑進行地修飾、改造或擴展、構建新的代謝途徑，以改變微生物原有代謝特性，并與微生物基因調控、代謝調控及生化工程相結合，提高目的代謝產物活性或產量，合成新的代謝產物的工程技術科學?？傮w而言，代謝工程是在建立代謝網絡理論的基礎上，通過對代謝流的定性、定量分析，從而對代謝工程進行設計包括改變代謝流、擴展代謝途徑和構建新的代謝途徑等方法，其核心是在分子水平上對靶基因或基因簇進行遺傳操作，所以又稱為第三代基因工程。
        代謝工程主要包括3個步驟：細胞途徑的修飾（合成），修飾后細胞表型的嚴格評價（表型表征），根據評價結果設計進一步的修飾（優(yōu)化設計）。其中，表現表征的評價即是在獲得大量生化反應數據的基礎上，采用化學、數學的研究方法并結合*的信息技術進行高通量分析，進一步研究細胞代謝的動態(tài)特征和控制機理，并由此發(fā)展了各種數學系統(tǒng)模型用于輔助改善代謝工程設計。
        隨著后基因組學時代的到來，各種組學技術（基因組學、轉錄物組學、蛋白質組學、代謝物組學、代謝通量組學等）在代謝工程相關研究中被廣泛使用，通過組學技術對細胞基因組以及細胞與微觀和宏觀環(huán)境條件關系等特性進行表型表征，代替?zhèn)鹘y(tǒng)表型表征的方法，使代謝工程的研究從局部通路水平上升到整體水平，從而可以更好地揭示生物復雜代謝網絡及調控機理，進行代謝工程的研究。目前，以各層次功能基因組學研究為基礎，借助高通量實驗技術和生物信息學工具等，通過整合各層次組學研究數據，建立數學模型，或通過比較不同菌株或同一菌株在不同條件下各個層次組學差異以闡明生命活動規(guī)律，以此進行代謝工程設計的尺度多層次的系統(tǒng)生物學方法，成為了各國科學家研究的重點方向。
        生物反應器：在生物反應器研究方面，自動化、多功能和率的新型生物反應器一直是近年來研究的熱點。包括人工生物反應器和天然生物反應器，比如微生物、動物和植物表達系統(tǒng)等，研究主要集中在將分離技術和生物反應過程結合開發(fā)出率的生物反應器，比如超臨界反應器和膜反應器等，以及研究生物反應機理、反應過程參數傳感器的研制、自動化控制系統(tǒng)和數學模型的建立等，特別是參數控制方面的研究和固體發(fā)酵生物反應器的開發(fā)是研究的兩個重點領域。
        安全檢測：此外，生物技術，如酶聯(lián)免疫吸附測定（ELISA）、聚合酶鏈式反應（PCR）和DNA芯片技術等用于食品微生物、毒素以及殘留藥物等食品安全檢測方面也顯示出其靈敏度高、特異性強、簡便快捷等優(yōu)勢，逐漸成為食品安全研究的重要方向。