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黃連含小蘗堿（也稱黃連素）、黃連堿、藥根堿、棕櫚堿等多種生物堿，其中小蘗堿是主要成分。黃連或小蘗堿是天然的廣譜抗菌藥物，對多種桿菌、球菌、真菌、病毒、原蟲等都有較強的抑制作用，善治菌痢、腹瀉、胃腸炎等癥。小蘗堿還能加強白細胞的吞噬功能，有良好的消炎、利膽、擴張血管和降低血壓的作用。中醫(yī)認為黃連性味苦寒無毒，有瀉火解毒、清熱燥濕、清心除煩、止吐殺蟲的功能。廣泛用于高熱、時行熱毒、傷寒、瀉痢、蛔蟲病、咽喉腫痛、口瘡、癰疽、燒燙傷等各種熱證、濕熱證、寒熱錯雜的證候和各種血證。
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